Khoa Hệ thống Thông tin Kinh tế có chức năng, nhiệm vụ đào tạo nguồn nhân lực có trình độ, nghiên cứu và chuyển giao các tiến bộ khoa học kỹ thuật thuộc lĩnh vực Hệ thống Thông tin Quản lý. Đồng thời, Khoa cũng đảm trách đào tạo các môn học thuộc chương trình cơ bản và cơ sở, cụ thể là các môn học về Thống kê, Toán kinh tế và Tin học Kinh tế cho tất cả các ngành học trong Trường và các trường thành viên Đại học Huế có liên quan.